По сути торговля на маркетплейсе — это агентский договор. При работе с такими договорами, доходом ИП будет полная сумма реализации. Об этом говорится в письме Минфина РФ от 20.04.2017 N 03-11-11/23918: доходом ИП на УСН признаётся вся сумма денежных средств, оплаченная покупателем, включая комиссионное вознаграждение, удержанное комиссионером — маркетплейсом.
Если не учитывать комиссию маркетплейса в доходах, то налоговая база будет занижена. Налоговая может оштрафовать предпринимателя на 20-40% от суммы неуплаченного налога.